Las partes integrantes de FIDEMAR como instrumento de financiamiento son: la Cámara Nacional de la Industria Pesquera (CANAINPESCA); el Gobierno Federal (CONAPESCA-INAPESCA); y la Fundación Mexicana para la Preservación de la Fauna Marina, A.C. (FUMDAMAR). Se creó el fideicomiso privado con BANAMEX en apoyo a la investigación de atún y otras especies. En FIDEMAR participan los barcos de la flota atunera mexicana, tanto los cerqueros y vareros del Pacífico, como los palangreros del Golfo de México. También participan en FIDEMAR embarcaciones de otras pesquerías de pelágicos.