El principal objetivo del PNAAPD es complementar los esfuerzos desplegados para desarrollar y consolidar la pesquería mexicana del atún, reduciendo al mínimo sus efectos sobre las especies asociadas. Debido a sus resultados en el ámbito de la investigación, desde 1997 FIDEMAR forma parte del Padrón de Instituciones de Investigación Científica del CONACyT. Uno de los activos más importantes de FIDEMAR-PNAAPD es el banco de datos generado a partir de 1992, que cuenta con información de aproximadamente 86,000 días de observaciones científicas en más de 2,000 viajes de las embarcaciones atuneras cerqueras del Pacífico. El PNAAPD tiene dos Sub-programas:

1) El Sub-Programa de Observadores. El principal objetivo es formar profesionistas relacionados con las ciencias del mar para participar como observadores científicos a bordo de las embarcaciones atuneras y recabar información útil para el conocimiento de la pesquería y administración del recurso. También se implementan cursos de actualización de los observadores en activo y se mantiene un control del desempeño de los mismos.

2) El Sub-Programa de Investigación Científica, cuyo propósito principal es realizar estudios sobre el recurso atún, así como reducir los efectos de la pesca en las especies asociadas al atún, especialmente los mamíferos marinos.

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